Las Empresas Operadoras son las encargadas de comprar y operar los buses troncales que actualmente están en los corredores de Fase I (Calle 80, Av. Caracas, Autopista Norte y Calle 13) y de Fase II (Américas, NQS y Suba). Adicionalmente, se encargan de contratar y capacitar los conductores del Sistema. Con el fin de maximizar la eficiencia y la cobertura del TransMilenio, el Sistema de operación incluye servicios troncales y servicios alimentadores. Los servicios son provistos por empresas privadas, bajo estrictas condiciones establecidas en contratos de concesión otorgados por TRANSMILENIO S.A., y de conformidad con un control centralizado. A continuación se describen los componentes del sistema de operación de TransMilenio:

Los vehículos que se utilizan en los servicios troncales del Sistema TransMilenio son especialmente diseñados para el transporte público urbano de pasajeros. Tienen una capacidad para 160 personas, mide 18 metros de largo por 2.60 de ancho y cuentan con características mecánicas avanzadas: suspensión neumática, caja de cambios automática, cuatro (4) puertas de 1.10 metros al lado izquierdo y motores de última tecnología alimentados por Diesel, los cuales superan ampliamente las normas medioambientales vigentes en Colombia. Los vehículos del Sistema TransMilenio ofrecen estándares de calidad y servicio mucho mejor que los del transporte tradicional.

 

Adicionalmente, en el segundo semestre de 2009 se hizo la vinculación de flota con mayor capacidad (buses biarticulados), tiene una capacidad 260 personas, mide 27.2 metros de largo por 2.60 de ancho y cuentan con características mecánicas avanzadas: suspensión neumática, caja de cambios automática, siete (7) puertas de 1.10 metros al lado izquierdo y motores de última tecnología alimentados por Diesel. La puesta en operación  de estos vehículos permite atender los corredores con mayor demanda mejorando los tiempos de atención de los usuarios en las estaciones con mayor afluencia. Entre las ventajas del bus  biarticulado se encuentran: mayor capacidad de abordaje de los usuarios, mejor distribución de los usuarios dentro de la estación, menor cantidad de emisiones por pasajero transportado. Existen varios factores que hacen atractivo el uso de los autobuses biarticulados, tales como su mayor productividad laboral, la cual reduce los costos de operación por usuario reflejado en la tarifa.

Los servicios troncales circulan por corredores exclusivos iniciando y terminando su recorrido en los Portales o Estaciones de Cabecera. Los vehículos sólo se pueden detener a dejar y recoger pasajeros en las estaciones, conforme a una planeación previa y a un riguroso  control en tiempo real. En el corredor troncal sólo opera el servicio de transporte masivo TransMilenio, es decir, está prohibida la circulación de vehículos de transporte colectivo. Existen servicios troncales de tres tipos: ruta fácil, expresos y súper-expresos.

 

 

Son aquellos que han sido diseñados para servir viajes entre zonas de origen y zonas de destino pre-identificadas a la mayor velocidad posible. Para este efecto, el servicio troncal expreso no se detiene en todas las estaciones que encuentra a su paso sino únicamente en aquellas designadas por TRANSMILENIO S.A.
 

Al inicio del recorrido se detiene con el objeto de cargar los autobuses y en alguna parte a lo largo del mismo para su posterior descarga. Estos servicios tienen una velocidad comercial superior a los servicios que se detienen en todas la estaciones.

 

Se detienen solamente en algunas estaciones y satisfacen pares Origen-Destino con mayor demanda de viajes, favoreciendo a los usuarios que realizan viajes largos dentro del sistema, dado que estos tienen un menor número de paradas que los Expresos.

 

Los servicios expresos y súper-expresos permiten un mejor servicio al usuario y una mayor utilización de la flota. Los usuarios no se ven obligados a detenerse en todas las estaciones a lo largo del recorrido, reduciendo así su tiempo de viaje y es posible realizar más ciclos con los mismos buses.

 

Estos servicios se detienen en todas las estaciones a lo largo del recorrido brindando a los usuarios una alternativa de desplazamiento más rápida y en menores tiempos de espera para el servicio troncal, dado que este servicio es programado con mayor frecuencia. Los buses que atienden este servicio están programados de lunes a domingo.

 

Son rutas provenientes de un área geográfica definida por TRANSMILENIO S.A., que concentran la demanda de un sector específico hacia el Sistema TransMilenio y se integran al servicio troncal mediante infraestructura física (estaciones intermedias). Los buses utilizados para esta operación son de capacidad media, adecuados a las condiciones viales y de tránsito que permiten el acceso desde los barrios cercanos al sistema sin pagar  doble  viaje.

 

La operación de estos servicios se realiza por vías locales sin exclusividad los cuales facilitan la integración de sectores principalmente residenciales de estratos 1, 2 y 3 con las diferentes troncales. A lo largo de los recorridos de las rutas alimentadoras, se encuentran paraderos ubicados aproximadamente cada 400 metros; estos paraderos cuentan con señalización, y zonas adecuadas para el ascenso, descenso y espera de los pasajeros. Los buses que prestan el servicio de alimentación están identificados con el color verde y la imagen institucional del Sistema TransMilenio, tienen capacidad para 80 personas en promedio. 

 

La operación del servicio TransMilenio es realizada por los transportadores actuales quienes reúnen el 98% de los transportadores de la ciudad. Los operadores de las troncales del sistema son siete empresas que se conformaron para participar en TransMilenio. Estas empresas son SI99 S.A., Express del Futuro S.A., Ciudad Móvil S.A., Metrobús S. A., Transmasivo S.A., SI02 S.A. y Connexión Móvil S.A.; los operadores de alimentación son: Alnorte Fase II, Alcapital Fase II, SI03 S.A., Citimóvil S.A., ETMA S.A. y TAO S.A. Estas empresas apoyan y están comprometidas con la reestructuración del transporte público de Bogotá. Las empresas operadoras son escogidas a través de procesos licitatorios abiertos, en los cuales se solicitan estrictos requisitos financieros, legales y técnicos, y se evalúan condiciones que garantizan la mejor selección de acuerdo con los principios de TRANSMILENIO S.A. 
 

Los adjudicatarios de los procesos licitatorios son los responsables de adquirir los vehículos y contratar los conductores, mecánicos, personal administrativo, y demás operarios. La concesión de la operación incluye la administración de los patios de mantenimiento y estacionamiento, provistos por el Estado. A las empresas operadoras de servicios troncales se les paga en función de los kilómetros recorridos y la tarifa ofertada, de acuerdo con la programación realizada por TRANSMILENIO S.A. El cumplimiento de las condiciones de operación, limpieza y confiabilidad genera estímulos; su incumplimiento genera multas que se aplican a mejorar la supervisión del Sistema.