El proyecto de mecanismo de desarrollo limpio - MDL de TransMilenio fue el primer proyecto de transporte masivo en el mundo con metodología aprobada y registrada ante Naciones Unidas bajo el Protocolo de Kyoto para la reducción de gases de efecto invernadero, desde 2006. El monitoreo realizado por TRANSMILENIO S.A. busca mantener los estándares de reducción de emisiones en la operación del sistema de transporte masivo.